首先，精益生產依靠參與者的知識，采用直接解決問題的方法。對于簡單的問題，可以更快的解決問題，但是缺乏知識的標準化，面對復雜的問題會效率低下，不能保證在統計控制之下。六西格瑪管理更好地整合各種工具，運用量化的方法分析找出問題，找出問題的主要原因，通過標準化的DMAIC流程解決問題，為復雜問題提供了可操作性強的解決方案和工具。
其次，精益生產很少涉及在企業內部創造文化和基礎，從而確保企業能夠成功實施精益生產活動，實現并保持精益生產的速度。六西格瑪制度的文化基礎保證了企業領導的參與、足夠的專職人員、系統的培訓、標準化的項目評估等。
第三，精益生產理論的優勢之一是對系統過程的管理，可以為六西格瑪的項目管理提供一個框架。一般來說，系統中有一些非增值的過程或活動。六西格瑪優化對象往往是局部的，缺乏對整個系統進行優化的能力，因此需要將必須解決的問題與整個系統聯系起來，然后對流程進行優化。如果我們用六西格瑪方法來優化這些流程或活動，就無法突破現有的系統流程，而精益生產恰恰有一整套的方法和工具來支持我們完成這項工作。
第四，對于很多剛開始引進和實施精益六西格瑪，通過繪制完整的價值流程圖，跨部門集思廣益，會發現很多改進的機會和項目。從sigma到六西格瑪，可能要花費3倍甚至更多，費時費力，但客戶并不覺得效果明顯。這時，精益生產有助于消除浪費，節約成本，從而達到事半功倍的效果。
第五，六西格瑪的工具箱中沒有精益生產常用的工具，如時間價值分析、全面生產主維護、5S(整理、整改、清洗、清潔、培養)等。通過幾十年的實踐和改進，這些工具對提高項目的有效性有非常顯著的效果。
第六，六西格瑪最重要的不是減少浪費，而是消除變異。當變異無法消除時，它主張與DFSS一起重新設計流程。因此，很難通過使用六西格瑪中的流程圖來確定哪個或哪些流程對非增值活動的貢獻最大。精益生產中的價值流程圖不僅有助于消除部門之間的壁壘，而且突出了主要的浪費。它要求在流程效率低于10%時重新設計流程，以確保進一步消除非增值活動。
首先，兩者都是持續改進和追求完美的典范。這就是兩者的本質同質性，這也是為什么有可能把兩者結合起來的原因。
其次，精益生產和六西格瑪管理與全面質量管理(TQM)密切相關。兩者都是基于流程的管理，以客戶價值為基本出發點，為兩種生產模式的整合提供了基礎。
最后，精益生產的本質是消除浪費，六西格瑪的本質是控制變異，變異是造成浪費的一個原因。因此，兩種模式關注的對象不是對立的，而是互補的。
精益工具主要用于消除浪費和非增值部分，減少不可或缺的非增值部分，而六西格瑪工具主要用于優化增值部分，防止增值部分變成非增值部分。
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